Всегда следи, что FPS был одинаковый и в Фрапсе, и в той программе, в которой склеиваешь.
Стандартная ошибка: записывать с 30 фпс, а потом пережимать с 29.97 (или наоборот).
Казалось бы разница не большая, но при рендеринге будет интерполировать, чтобы достигнуть того же fps, в результате появляются эти размытые переходы между кадрами (когда два кадра одновременно нарисовано).
В проге для редактирования видео не используй стандертные пресеты - лучше создавай свой собственный.